В городе Солеанна открытие «фестиваля Солнца» нарушается прибытием доктора Эггмана, который требует от принцессы Элис отдать ему Изумруд Хаоса. На помощь приходит ёж Соник, который убегает вместе с Элис от злодея. Тем не менее, учёный всё равно настигает Соника на своём корабле и при помощи Эггмобиля похищает принцессу. Но, благодаря ежу и лисёнку Тейлзу, героиня вновь на свободе. В это же время на базе Эггмана правительственные агенты ёж Шэдоу и летучая мышь Руж ищут Скипетр Тьмы. После битвы с доктором скипетр разрушается, и из него выходит дым, который принимает форму Шэдоу]. Представившись как Мефилес, он отправляет героев в будущее, туда же отправляется и сам; там демон находит ежа Сильвера и кошку Блейз и говорит им, что в гибели их мира виновен синий ёж.